| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| C3782 | 南通 | 06:07 | 南通 | 06:07 | 南京 | 08:42 | 南京 | 08:42 |
| C3762 | 南通 | 06:30 | 南通 | 06:30 | 南京 | 09:09 | 南京 | 09:09 |
| D5441 | 南通 | 07:08 | 南通 | 07:08 | 南京 | 10:48 | 南京 | 10:48 |
| D5444 | 南通 | 07:08 | 南通 | 07:08 | 南京 | 10:48 | 南京 | 10:48 |
| C422 | 启东 | 06:50 | 南通 | 07:42 | 南京 | 10:17 | 南京 | 10:17 |
| D9481 | 南通 | 07:51 | 南通 | 07:51 | 南京 | 11:20 | 南京 | 11:20 |
| D9484 | 南通 | 07:51 | 南通 | 07:51 | 南京 | 11:20 | 南京 | 11:20 |
| C3856 | 上海 | 08:49 | 南通西 | 10:10 | 南京 | 12:47 | 南京 | 12:47 |
| C3864 | 上海 | 10:20 | 南通西 | 11:43 | 南京 | 14:17 | 南京 | 14:17 |
| C426 | 启东 | 14:00 | 南通 | 14:50 | 南京 | 17:42 | 南京 | 17:42 |
| C3868 | 上海 | 13:32 | 南通西 | 15:06 | 南京 | 17:35 | 南京 | 17:35 |
| C3772 | 上海虹桥 | 15:09 | 南通西 | 16:32 | 南京 | 19:09 | 南京 | 19:09 |
| C430 | 启东 | 16:36 | 南通 | 17:24 | 南京 | 20:13 | 南京 | 20:13 |
| K136 | 南通 | 18:33 | 南通 | 18:33 | 南京 | 21:52 | 昆明 | 11:38 |
| K137 | 南通 | 18:33 | 南通 | 18:33 | 南京 | 21:52 | 昆明 | 11:38 |
| C3872 | 上海 | 17:40 | 南通西 | 19:05 | 南京 | 21:28 | 南京 | 21:28 |