| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 查询站 | 到站时间 | 离站时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D12 | 杭州 | 19:36 | 南京 | 00:02 | 00:08 | 北京丰台 | 09:24 |
| D4563 | 日照 | 23:22 | 南京 | 02:34 | - | 南京 | 02:34 |
| D4565 | 南京 | 03:00 | 南京 | - | 03:00 | 日照 | 06:15 |
| D17 | 北京 | 19:10 | 南京 | 04:46 | 04:52 | 杭州 | 09:12 |
| D7 | 北京丰台 | 19:32 | 南京 | 04:52 | 04:58 | 上海 | 07:25 |
| D9 | 北京南 | 19:36 | 南京 | 05:07 | 05:13 | 上海南 | 08:00 |
| D202 | 聊城 | 21:25 | 南京 | 05:13 | 05:19 | 义乌 | 10:49 |
| D203 | 聊城 | 21:25 | 南京 | 05:13 | 05:19 | 义乌 | 10:49 |
| D5446 | 南京 | 06:42 | 南京 | - | 06:42 | 响水县 | 10:25 |
| D5447 | 南京 | 06:42 | 南京 | - | 06:42 | 响水县 | 10:25 |
| D9556 | 南京 | 06:42 | 南京 | - | 06:42 | 响水县 | 10:25 |
| D9557 | 南京 | 06:42 | 南京 | - | 06:42 | 响水县 | 10:25 |
| D11 | 北京南 | 21:22 | 南京 | 06:57 | 07:03 | 杭州 | 11:20 |
| D125 | 西安 | 19:25 | 南京 | 07:18 | 07:26 | 杭州 | 11:58 |
| D128 | 西安 | 19:25 | 南京 | 07:18 | 07:26 | 杭州 | 11:58 |
| D5401 | 徐州东 | 06:06 | 南京 | 08:50 | - | 南京 | 08:50 |
| D5404 | 徐州东 | 06:06 | 南京 | 08:50 | - | 南京 | 08:50 |
| D5422 | 南京 | 09:10 | 南京 | - | 09:10 | 连云港 | 11:53 |
| D5423 | 南京 | 09:10 | 南京 | - | 09:10 | 连云港 | 11:53 |
| D124 | 西安 | 21:16 | 南京 | 09:27 | 09:33 | 上海 | 12:30 |
| D121 | 西安 | 21:16 | 南京 | 09:27 | 09:33 | 上海 | 12:30 |
| D5454 | 南京 | 09:51 | 南京 | - | 09:51 | 盐城 | 12:32 |
| D5455 | 南京 | 09:51 | 南京 | - | 09:51 | 盐城 | 12:32 |
| D9532 | 南通 | 07:17 | 南京 | 10:46 | - | 南京 | 10:46 |
| D5441 | 南通 | 07:07 | 南京 | 10:48 | - | 南京 | 10:48 |
| D5444 | 南通 | 07:07 | 南京 | 10:48 | - | 南京 | 10:48 |
| D9534 | 南京 | 11:06 | 南京 | - | 11:06 | 南通 | 13:37 |
| D9531 | 南京 | 11:06 | 南京 | - | 11:06 | 南通 | 13:37 |
| D5425 | 连云港 | 08:23 | 南京 | 11:11 | - | 南京 | 11:11 |
| D5428 | 连云港 | 08:23 | 南京 | 11:11 | - | 南京 | 11:11 |
| D9498 | 南通 | 07:51 | 南京 | 11:20 | - | 南京 | 11:20 |
| D9495 | 南通 | 07:51 | 南京 | 11:20 | - | 南京 | 11:20 |
| D9492 | 南通 | 09:02 | 南京 | 11:21 | - | 南京 | 11:21 |
| D5426 | 南京 | 11:27 | 南京 | - | 11:27 | 赣榆 | 14:21 |
| D5427 | 南京 | 11:27 | 南京 | - | 11:27 | 赣榆 | 14:21 |
| D5458 | 南京 | 11:38 | 南京 | - | 11:38 | 盐城 | 14:10 |
| D9494 | 南京 | 11:40 | 南京 | - | 11:40 | 南通 | 14:11 |
| D9491 | 南京 | 11:40 | 南京 | - | 11:40 | 南通 | 14:11 |
| D5405 | 徐州东 | 09:08 | 南京 | 12:17 | - | 南京 | 12:17 |
| D5408 | 徐州东 | 09:08 | 南京 | 12:17 | - | 南京 | 12:17 |
| D5402 | 南京 | 12:27 | 南京 | - | 12:27 | 宿迁 | 14:40 |
| D5403 | 南京 | 12:27 | 南京 | - | 12:27 | 宿迁 | 14:40 |
| D9496 | 南京 | 12:41 | 南京 | - | 12:41 | 南通 | 15:53 |
| D9497 | 南京 | 12:41 | 南京 | - | 12:41 | 南通 | 15:53 |
| D5406 | 南京 | 13:07 | 南京 | - | 13:07 | 徐州东 | 16:15 |
| D5407 | 南京 | 13:07 | 南京 | - | 13:07 | 徐州东 | 16:15 |
| D5456 | 东台 | 10:30 | 南京 | 13:20 | - | 南京 | 13:20 |
| D5453 | 东台 | 10:30 | 南京 | 13:20 | - | 南京 | 13:20 |
| D5409 | 宿迁 | 11:18 | 南京 | 13:28 | - | 南京 | 13:28 |
| D5412 | 宿迁 | 11:18 | 南京 | 13:28 | - | 南京 | 13:28 |
| D5462 | 南京 | 13:52 | 南京 | - | 13:52 | 盐城 | 16:24 |
| D5463 | 南京 | 13:52 | 南京 | - | 13:52 | 盐城 | 16:24 |
| D5430 | 南京 | 14:12 | 南京 | - | 14:12 | 连云港 | 16:48 |
| D5431 | 南京 | 14:12 | 南京 | - | 14:12 | 连云港 | 16:48 |
| D5445 | 响水县 | 10:43 | 南京 | 14:16 | - | 南京 | 14:16 |
| D5448 | 响水县 | 10:43 | 南京 | 14:16 | - | 南京 | 14:16 |
| D5496 | 南京 | 14:25 | 南京 | - | 14:25 | 东台 | 17:24 |
| D5497 | 南京 | 14:25 | 南京 | - | 14:25 | 东台 | 17:24 |
| D5451 | 南京 | 14:46 | 南京 | - | 14:46 | 响水县 | 18:33 |
| D5437 | 连云港 | 12:12 | 南京 | 15:10 | - | 南京 | 15:10 |
| D5440 | 连云港 | 12:12 | 南京 | 15:10 | - | 南京 | 15:10 |
| D5438 | 南京 | 15:27 | 南京 | - | 15:27 | 连云港 | 17:59 |
| D5439 | 南京 | 15:27 | 南京 | - | 15:27 | 连云港 | 17:59 |
| D5457 | 盐城 | 12:52 | 南京 | 15:30 | - | 南京 | 15:30 |
| D5410 | 南京 | 15:52 | 南京 | - | 15:52 | 徐州东 | 19:00 |
| D5411 | 南京 | 15:52 | 南京 | - | 15:52 | 徐州东 | 19:00 |
| D9504 | 上海 | 12:00 | 南京 | 16:05 | - | 南京 | 16:05 |
| D9512 | 上海 | 11:47 | 南京 | 16:05 | - | 南京 | 16:05 |
| D5413 | 徐州东 | 13:03 | 南京 | 16:12 | - | 南京 | 16:12 |
| D5416 | 徐州东 | 13:03 | 南京 | 16:12 | - | 南京 | 16:12 |
| D5429 | 赣榆 | 13:26 | 南京 | 16:21 | - | 南京 | 16:21 |
| D5432 | 赣榆 | 13:26 | 南京 | 16:21 | - | 南京 | 16:21 |
| D9514 | 南京 | 16:30 | 南京 | - | 16:30 | 上海 | 20:03 |
| D9511 | 南京 | 16:30 | 南京 | - | 16:30 | 上海 | 20:03 |
| D5414 | 南京 | 16:42 | 南京 | - | 16:42 | 徐州东 | 19:41 |
| D5415 | 南京 | 16:42 | 南京 | - | 16:42 | 徐州东 | 19:41 |
| D9536 | 南通 | 13:57 | 南京 | 16:55 | - | 南京 | 16:55 |
| D122 | 上海 | 14:13 | 南京 | 16:59 | 17:06 | 西安 | 05:25 |
| D123 | 上海 | 14:13 | 南京 | 16:59 | 17:06 | 西安 | 05:25 |
| D9486 | 南通 | 14:30 | 南京 | 17:13 | - | 南京 | 17:13 |
| D5417 | 宿迁 | 14:59 | 南京 | 17:18 | - | 南京 | 17:18 |
| D5434 | 南京 | 17:18 | 南京 | - | 17:18 | 连云港 | 20:01 |
| D5435 | 南京 | 17:18 | 南京 | - | 17:18 | 连云港 | 20:01 |
| D9488 | 南京 | 17:33 | 南京 | - | 17:33 | 南通 | 20:25 |
| D9485 | 南京 | 17:33 | 南京 | - | 17:33 | 南通 | 20:25 |
| D5461 | 盐城 | 15:24 | 南京 | 17:55 | - | 南京 | 17:55 |
| D5464 | 盐城 | 15:24 | 南京 | 17:55 | - | 南京 | 17:55 |
| D201 | 义乌 | 11:57 | 南京 | 18:36 | 18:44 | 济南 | 05:38 |
| D204 | 义乌 | 11:57 | 南京 | 18:36 | 18:44 | 济南 | 05:38 |
| D9538 | 南京 | 19:05 | 南京 | - | 19:05 | 南通 | 21:47 |
| D9535 | 南京 | 19:05 | 南京 | - | 19:05 | 南通 | 21:47 |
| D5418 | 南京 | 19:06 | 南京 | - | 19:06 | 徐州东 | 22:06 |
| D5465 | 盐城 | 16:43 | 南京 | 19:21 | - | 南京 | 19:21 |
| D5468 | 盐城 | 16:43 | 南京 | 19:21 | - | 南京 | 19:21 |
| D5436 | 连云港 | 17:05 | 南京 | 19:32 | - | 南京 | 19:32 |
| D5433 | 连云港 | 17:05 | 南京 | 19:32 | - | 南京 | 19:32 |
| D5442 | 南京 | 19:39 | 南京 | - | 19:39 | 南通 | 22:54 |
| D5443 | 南京 | 19:39 | 南京 | - | 19:39 | 南通 | 22:54 |
| D5495 | 东台 | 17:57 | 南京 | 20:39 | - | 南京 | 20:39 |
| D5498 | 东台 | 17:57 | 南京 | 20:39 | - | 南京 | 20:39 |
| D126 | 杭州 | 16:37 | 南京 | 21:06 | 21:12 | 西安 | 09:01 |
| D127 | 杭州 | 16:37 | 南京 | 21:06 | 21:12 | 西安 | 09:01 |
| D18 | 杭州 | 17:10 | 南京 | 21:32 | 21:38 | 北京 | 07:09 |
| D5452 | 响水县 | 18:49 | 南京 | 22:27 | - | 南京 | 22:27 |
| D6 | 上海 | 21:15 | 南京 | 23:50 | 23:56 | 北京 | 09:25 |
| D10 | 上海南 | 21:05 | 南京 | 23:56 | 00:02 | 北京南 | 09:24 |